Projekt se zato zavestno izogne agresivni nadgradnji obstoječih objektov in predlaga drugačno pot: subtilno, a izrazito prostorsko gesto – novo podzemno povezavo, ki združuje vse obstoječe stavbne strukture v enoten, funkcionalno in konceptualno premišljen muzejski sistem.
Nova podzemna struktura je razdeljena v dve etaži. Zgornja etaža je neposredno povezana z muzejsko vsebino: nudi dodatne razstavne prostore, hkrati pa omogoča neprekinjeno pot med posameznimi objekti kompleksa. Spodnja etaža je namenjena razširjenemu javnemu programu, ki prostor odpira širši kulturni in strokovni javnosti: knjižnica, galerija, večnamenska dvorana in konferenčne sobe.
Čeprav sta etaži fizično ločeni, sta zasnovani tako, da obiskovalcu muzejskega in javnega programa omogočata vsaj bežen vpogled v dogajanje na »nasprotni« strani. Med njima se tako ustvarja vizualna povezanost, obenem pa večja kontinuiteta celotnega prostora.
Pomemben prostorski element so tudi tri teatralna stopnišča, pravokotno umeščena na obstoječe hale, ki vodijo v nižje etaže javnega programa. Ta skupaj z nasproti ležečimi ozelenjenimi atriji ne služijo le kot dostopi, temveč tudi kot svetlobniki in prostorski poudarki, ki rahljajo mejo med zunanjim in notranjim, med starim in novim. V podzemlje prinašajo naravno svetlobo, atmosfero in orientacijo, obenem pa ustvarjajo odprt dialog z obstoječo arhitekturo na površju.